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あれこれ

細菌遺伝子マーカー

  • 随時更新

カウンターセレクションマーカー

pyrF (真核はURA3)+ 5-FOA

  • orotidine-5′-monophosphate [OMP] decarboxylase
  • OMP を UMP に変える(key de novo pyrimidine biosynthesis)
  • 5-fluoroorotic acid (5-FOA, an analog of pyrimidine) があるとPyrEとPyrFによって 5-FOA → 5-F-OMP → 5-F-UMP になり毒性でしぬ
  • genome にある場合は KO する必要あり
  • 参考

rpsL + streptomycin

  • S12 protein of the small ribosomal subunit
  • rpsL に変異をいれるとストレプトマイシン感受性をもつ
  • genome rpsL に変異をいれておく必要あり。rpsL WT を別途発現させることで耐性

galK + DOG

  • ガラクトース
  • galK が DOG を毒性ある分子に変える
  • 糖を食わない菌ならば genome KO することなく使えたりする
  • もともと galK をもっていたら KO する必要はあるが、その場合ポジティブセレクターとしても使える

sacB + surcose

  • メカニズムは実はよくわかってないらしい
  • sacB を発現していると sucrose に弱くなる。sucrose 濃度は菌によって違うのでスクリーニングする必要あり
  • とはいっても sacB を発現してなくても生育は弱ったりするので、 sucrose plate でコロニーが見え始めたら新しいプレートに restreak するといい
  • つまり遅い菌にはあまり向かない

TK + dP

  • genome から tk を ko したほうが良い
  • dPがリン酸化されることでゲノムにとりこまれてしぬ
  • 5fdUでde novo dT 合成を抑えればポジティブセレクターとしても使える(+ dT)

tetA + fusaric acid

  • あとはテトラサイクリン耐性

ccdB

  • DNA gyrase 阻害タンパク質。
  • CcdA/CcdB Type II Toxin-antitoxin system - Wikipedia
  • leaky expression でも lethal になるので注意。という意味では上記のような他の化合物とセットでリーサルになるシステムのほうが使いやすい。

デュアルセレクションマーカー

TetA

  • テトラサイクリン体制
  • Fusaric acid

ThyA

TK

  • dT + 5fdU for positive selection in Δtdk strain
    • 5fdUは de novo pathway を阻害
  • dP for counter selection

GalK

  • ガラクトース (in minimal media) positive selection
  • DOG counter selection

オキソトロフマーカー

アミノ酸系

ヌクレオチド

シュガー

  • lacZ: lactose
  • galK: galactose
  • araE: arabinose

その他必須化合物

  • thiE: Thiamin
  • dapA: DAP:LBにも入ってないのでミニマムメディアを作らなくても使える

表現型が変わる系なもの

サロゲート化合物

かたち

  • mreB
  • ftsZ
  • minCD

走性

  • cheZ: 過剰発言で tumble が減る(tumbleを引き起こすcheY-P を cheZ が dephosphorilation する)
  • fliC: べん毛がなくなって swim/swarm しなくなる
  • tsr, tar などの MCP: swarm plate 上での chemotaxis が変わる

PHAを作る株

  • phaC: PHA合成酵素を潰せば Nile Red (PHAを染める色素)で簡単に識別可能