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あれこれ

ssrA タグ

ssrA がどう働くのかを理解せずにいままで使ってきたが、大腸菌以外の細菌でも使えるかが気になったので調べた。

ソース

ssrA?

  • ssrA は 250~400 bp 程度の RNA
  • tRNA (Ala) とmRNAの両方の機能を持っている。tmRNAとも呼ばれる。
  • Andersen et al が最後の3aaを LAA (wt) から LVA/ASV/AAV に変えて分解速度の違うバージョンを作った。これを使って LVA tag とか ASV tag とか呼ばれたりもする。

はたらき

  • コーディング配列の途中で切れてるmRNAなどによって止まってしまったリボソームをみつけたら:
    • まず tRNAの機能でアラニンをくっつけ、
    • 続いて mRNAの機能で N-AANDENYALVA-C を翻訳して
    • C末端にタグがついたポリペプチドとして放り出される

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Karzai 2000 Nat Structural Biol

  • タンパク質分解
    • sspB が ssrA tag の前半に結合、clpX が後半部分に結合し、分解される

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McGinness 2006

ほかの微生物

  • もしその生物が ClpXP システムをもってるなら、tmRNAを調べて peptide tag のコーディング領域を使えばいいはず
  • The tmRNA website
    • ゲノムが読まれてる生物なら、生物名またはNCBI Accession No をいれるだけで、tmRNA やアダプターペプチド配列などを自動的に吐き出してくれる!