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あれこれ

床下のマングース

ハンニバルのシーズン1 最初の2エピソードを見返してしまったのだけど、最初見たときには気づかない些細ないろいろに気づいてしまってとても面白い。 Hannibal はこれまでもこれからも自分の患者に人を殺させようと誘導するわけだが、このWill の場合はむし…

交流の電気回路いろいろ

ひきつづきニコラ・テスラ読書のために交流回路について勉強していて、以下のウェブサイトがすごくわかりやすい。お勉強メモ Vol. II - Alternating Current (AC) - Electronics Textbook エレクトロニクス入門 | TDKマガジン | TDK株式会社 交流回路部品た…

交流電流とは何か

ニコラ・テスラ(名前がずるい)の伝記(Wizard: The Life And Times Of Nikola Tesla (Citadel Press Book))を読んでいるのだけど、交流電流のことをいまいちよく理解していないために本の内容がわからんので勉強する。高校物理で出会ってから交流というの…

3月に読んだ本

3月の読書メーター読んだ本の数:3読んだページ数:908The Undoing Project: A Friendship that Changed the World読了日:03月30日 著者:Michael LewisThe Big Sleep: A Novel (Philip Marlowe series)読了日:03月27日 著者:Raymond Chandler,Richard Am…

Orphan black

Orphan black がとんでもなく面白いことに気づいてしまった。Fe がとても素敵で役者も素晴らしい。上記インタビューで 3:20 らへんから overall theme についてどう思うという質問に対して曰く:all the great sci-fi や horror film は real life の問題ー …

リソースコンペティションとナショナリズム

ヨーロッパで生まれる Far right に関するエピソード。おもしろかったのは: Harvard Buisiness Review? の研究。ソマリアの人たちに自分のアイデンティティを答えてもらう研究で、昔は「わたしはソマリア人」と言っていたが、飢餓が進むにつれて(リソース…

個人情報監視プログラムと国家安全保障機密リークと善と悪と正義

毎度ながらとても素晴らしいポッドだった。この Greenwald という人はスノーデンからのリークを The Guardian で報道したジャーナリストであり、一方で Vietor はオバマ時代の NSC スポークスマンでありオバマ同様リークはクソけしからんという立場をとって…

イラレでクリッピングマスクの外側を削除する方法

ベクター画像の場合 クリッピングマスクをした画像を選択して「オブジェクト/拡張」を選択 もしそのオブジェクトにアピアランスも設定してるなら「オブジェクト/アピアランスの拡張」を選択する(アピアランスをいじってない場合は選択できない) クリッピ…

The Expanse Season 1

あああああああ The Expanse がおもしろくてしにそう。 Season 1 の前半もフツーにおもしろい!と思ってみてたけど 7話 8話 9話 をみておもしろすぎてしぬ〜〜〜ってなってアドレナリンを休憩させないと10話にさしかかれなかった。そして10話もおおおおおも…

真実などない、すべては解釈

Embedded が再開したので聞いてみた。Charlotte shooting のポリスビデオについて。警官が charge された (one of the?) 最初の事件だったらしい。最初彼が charge された理由は、警察車両についていたカメラの映像からだった:どう見ても Jonathan (打たれ…

善人と触れ合ったときに発生する自己嫌悪について

中島義道の書くことに激しく同意してしまうことがとても悔しい。私は「人間嫌い」にはなりたくないのだ。そうやって自らをラベリングすることで、枠にはめてしまう気がする。自分は思い込みがはげしいので特に。と警戒しつつも、人間関係に関する憂鬱は彼の…

マイクロフルイディクス

すばらしいウェブサイト 入門 Microfluidics? A general overview Microfluidics tutorials - Elveflow Magnetic particle separation : a short review - Elveflow トラブルシューティング 気泡を除く: Air bubbles and microfluidics - Elveflow フィッテ…

電子顕微鏡 便利リンク

透過型電子顕微鏡 TEM Tecnai TEM マニュアル ← わかりやすい The beginner's guide to transmission electron microscopy ← 素晴らしい http://www.msec-melco.co.jp/common/pdf/a-06.pdf EMC — University of Missouri-Columbia / University of Missouri …

Nick Lane: The Vital Question 途中

The Vital Question: Why is life the way it is?作者: Nick Lane出版社/メーカー: Profile Books発売日: 2015/04/23メディア: Kindle版この商品を含むブログを見る Nick Lane の The Vital Question を audible で聞いている、とても面白い。でも著者の上か…

Pod Save the World

オバマホワイトハウスのアルムナイたちがホストする Keepin' it 1600 も Pod save America も最初から全部聞いていたのだけど、この Tommy Vietor のホストする Pod save the world が一番素晴らしい。 ~America のほうではその週の政治ニュースについてな話…

細菌遺伝子マーカー

随時更新 カウンターセレクションマーカー つまりその遺伝子をもってたら死ぬもの Counterselectable Markers: Untapped Tools for Bacterial Genetics and Pathogenesis CH391L/S12/CounterSelection - OpenWetWare pyrF (真核はURA3)+ 5-FOA orotidine-5…

DNA ストレージ

DNA の情報ストレージ密度が上がった話。Science の pod がわかりやすかった。数年前に Church たちのグループ が本を書いてそれをストアした時はそれほどでもない情報密度だったが(むしろコンセプトベースの仕事であった)、今回違うグループから発表され…

Alternative Facts

去年一年間の大統領選で鍛えたおかげでニュースを聞いても憂鬱にならなくなってきた。最近きになるのは anecdotes と statistics と context がどう駆使されて alternative facts が紡ぎあげられているか: Anecdotal evidence - Wikipedia the plural of an…

雑記:難民研究者、餅つき、タバコ

難民研究者 www.acast.com 今週の nature podcast がいつもと違ってとてもジャーナリズムだった。こういうのも増やしてほしい。 うろ覚えだけど:研究者のシリア難民の話をしていた;フランスで食品科学に関するPhDとポスドクをしてシリアの大学にポジション…

読書スランプと本との相性

www.asahi.com 個人的に思うのは:「読書スランプ」が起こる時点で、読みたく無い本を読んでるんじゃないかと思う(ただ彼が冒頭で引用した人たちは仕事で本を読まねばならなかったりするのでそれは別かもしれない)。 趣味で読むならば本は映画や音楽のよう…

雑記:とぶ恐竜、移民

羽をもつ恐竜、カニバリズム - Science Podcast 恐竜がどうやって鳥へと進化してきたかの話。中国からたくさん羽根つき恐竜がみつかっているらしい。彼らは「いつか空飛べるようになりたいなー」と思いながらインテリジェントデザイン的に羽を少しずつ準備し…

2月に読んだ本

2月の読書メーター読んだ本の数:3読んだページ数:1304Harry Potter and the Goblet of Fire読了日:02月23日 著者:J.K. RowlingThing Explainer: Complicated Stuff in Simple Words (English Edition)読了日:02月20日 著者:Randall MunroeThank You fo…

酸化的リン酸化・電子伝達系・細胞呼吸

むかしは大腸菌しか扱っていなかったが、最近は嫌気性細菌 anaerobe や微好気性細菌 microaerobe なども使うようになったので、細胞呼吸 respiration についてイチから勉強した。覚えている範囲でここにメモる。日本語には良い微生物生理学の教科書が無いよ…

今週のサイエンスニュース

今週の Science Friday はとてもよかった。 特に Self-driving cars や Internet of Things のハッキングをどう防ぐ? という話もそうだけど、何より、40光年先の 7 つの地球的!?な惑星! MIT の教授読んで解説している。7つの惑星が並んでる理由はお互い…

移民問題と銀河系植民地化の話

上野千鶴子氏の「平等に貧しくなろう」が炎上したとき、私はむしろ上野氏の言うことのほうが内容的には的を得ている気がして(※意見には反対だが)なぜだろうとしばらく違和感を覚えていたが、ご本人がブログで反論していたらしい。この文章がまさに私のモヤ…

憂鬱のトリガー

最近とんでもなく憂鬱な時が結構多い。その憂鬱になる原因はわからないのだけど(むしろ沢山ありすぎて特定できないのかもしれない)、その中でも自分をさらに憂鬱にさせるのは「自己肯定感のなさ」である。自分クソダメ〜って思うたびに憂鬱さが増幅される…

ナッジセオリー

私はモチベーションや憂鬱をコントロールしようとして色々な自己啓発本やポップサイコロジー本や認知行動療法本を読み漁ってきたが、その辺のおぼろげな記憶から想像すると、「人の考え方」に関する理解の歴史というものは、以下のようなかんじじゃないかと…

Jim Dale の Voldemort の話

Jim Dale のナレーションする Harry Potter オーディオブックを 4 巻まで聞いた。3 巻まででも既にその上手さに感心しつつ臨場感たっぷりだわと喜んで聞いていたのだけど、4 巻に入って今までのは余興であったことを知る。Voldemort の声!! 1巻にも Voldemor…

ssrA タグ

ssrA がどう働くのかを理解せずにいままで使ってきたが、大腸菌以外の細菌でも使えるかが気になったので調べた。 ソース Karzai 2000 Nat Structural Biol 短く読みやすいレビュー McGinness 2006 Mol Cell, Engineering Controllable Protein Degradation A…

matplotlib: ヒストグラム

matplotlib.pyplot.hist を使う # -*- coding:utf-8 -*- # 日本語 import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np plt.style.use('ggplot') # データの読み込み data = np.transpose(np.genfromtxt('data.csv',delimiter=',',skip_header=1)) name = (…

外部 python module を OSX にインストール

pythonのことはよくわからないが見よう見まねで dnaplotlib module を mac にインストールする 1) module をダウンロードして site-packages に保存 ダウンロードした dnaplotlib ディレクトリを /Library/Python/2.7/site-packages に放り込む というのを決…

matplotlib: CSV ファイルの読み込み

matplotlib グラフ描画のための csv ファイルの読み込み方について。 この記事で棒グラフを書いた。こんどはデータファイルを外部から読み込みたい numpy.genfromtxt, numpy.loadtxt, pandas.read_csv を使ってみる まとめ:全部あまり変わらない気もする。…

matplotlib: 棒グラフ

たとえばこういうデータ: 今回はこのデータをスクリプトに直接打ち込む。ファイルからの読み込みはこの記事 import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt plt.style.use('ggplot') # データの用意 name = ['S1','S2','S3','S4','S5','S6','S7','S8'…

matplotlib: 画像サイズの設定 と 保存

matplotlib でグラフ描画 → ベクター形式で保存 → イラレで編集 という流れで作業を進めることが多い。つまり、matplotlib で厳密な修飾はしなくていいものの、サイズの大きさが毎回あってるというだけでイラレでの編集が簡単になる。そこでサイズの変え方と…

matplotlib: Figure と Axes の概念

Working with multiple figures and axes 図示: # -*- coding: utf-8 -*- import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np # スタイル plt.style.use('ggplot') # データを用意 x = np.arange(0,15,0.1) # 0~14.9 まで 0.1 おきの np.array y1 = np.si…

独習 matplotlib

簡単なグラフの書き方 # -*- coding: utf-8 -*- import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np # スタイル plt.style.use('ggplot') # データを用意 x = np.arange(0,15,0.1) # 0~14.9 まで 0.1 おきの np.array y = np.sin(x) y2= np.cos(x) # やり…

備忘録

気になるものごと トラスポゾンの種類/宿主/配列特異性 セレクションマーカー同上(まとめ論文とかないのだろうか?)

もくじ

matplotlib 超基礎 matplotlib 超基礎知識 Figure と Axes の概念 画像サイズの設定と保存方法 グラフ描画 CSV ファイル読み込み 棒グラフ ヒストグラム イラレ クリッピングマスクの外側を削除 生物関連 ssrA 分解タグ 細胞のエネルギー生産・細胞呼吸 細菌…