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Nick Lane: The Vital Question 途中

The Vital Question: Why is life the way it is?

The Vital Question: Why is life the way it is?

Nick Lane の The Vital Question を audible で聞いている、とても面白い。でも著者の上から目線に時々イラっとしてしまう(ナレーターがそれを増幅してるのもある)。自分のアイデアや仮説を紹介する前に、「広く信じられている仮説」を引き合いに出して解説し、その論に対する穴を批判して自分の論を展開するという構成をとることが多い。でもその「批判」自体は彼のアイデアじゃなかったりする(=その"広く信じられている仮説"に対する批判自体、よく言われてることだったりする)のに、この著者はまるで自分だけがその仮説の欠点を知っているかのように書いている。つまり、「こういう広く信じられている仮説もあるが、こういう批判もある」とは書かずに、「こういう仮説があるが、それはこういう理由で間違っている!なぜこんな明らかなことに気づかなかったのだろうか?」と書かれている。まあいちいち目くじら立ててもしょうがないので一応スルーしながら聞いてはいるのだが、モヤっとした感情が発生するのは止められないのだった。

たとえば、熱力学や散逸構造的観点から進化現象を説明してるところ。 生物学/博物学的な観点からの「広く信じられている進化現象の考え方」を批判した後に、「進化はエネルギーが constraint だと考えればすべてがメイクセンスである、この本を読めばそれはわかるだろう」と自分のアイデアに繋げるところがいちばんのモヤッとポイントだった。とは言っても、読み進めれば2-3章とかでプリコジンやヴェクターズホイザーはでてくるし、そのほか彼が支持する仮説の研究者は結構なディテールででてくる。ただし大きなクレームを書くときなどは自分のアイデアと過去の人の成果に明確な線は引いてない印象を受けた。どこからが著者のユニークなアイデアなのかがいまいちはっきり書かれていない。一般向けの本ではあるのだろうが、本の冒頭でも一般向け解説化学書というよりはダーウィンみたく「著作でアイデアを発表する」のは大事だとか言ってるので(そして内容的にも明らかに一般向けというには難しいだろう、生化学の学部教育は要る)、その辺のアイデアラインをうやむやにしないで欲しかった…

とはいいつつも、その辺のトーンを気にせず読んでる分には、極めてわかりやすい!面白い!まだ全体の半分くらいで、生命の起源はアルカリ deep vent じゃないかというところまで読んだ。私の場合この辺の内容はいろんな論文や総説で掻い摘んだ虫食い知識しかなかったのだが、それが串を通してわかりやすく説明されている。ひとつモヤッとしたのは Wächtershäuser の扱い;彼のいう Hydrothermal vents theory が働かないのはわかるが(暑すぎて有機分子が分解する)でも彼は Miller の実験がもてはやされた時代に Metabolism First という重要なアイデアを提唱したのであり、Lane たちのアイデアもそれを引き継いだものだと思うのだけど。著者が Wächtershäuser に対してあまりリスペクトがないような印象があって、なんだかな。なんども引用はしてるけど(でも主に批判するために)。

ただ、確かに文章(とくに第1章)のスノビッシュな感じをナレーターが素直に表現してるのだけど、第2章以降にある普通の文章のところもナレーターが同様の pretentious な声色で感情を込めて喋り続けてる気はする。それが必要以上に著者のキャラを作り上げているかもしれない。文字で読んだらまた違うかしら。こういうノンフィンクション系は感情を込めすぎないナレーターのほうがいい。

というかんじで常に著者(もといナレーター)のトーンにモヤッイラッとしつつ内容的にすげー面白いわかりやすいと感動しながら読み進めている。

でもビルゲイツのコメントは真逆だった:

ニックは一貫して科学者らしい物腰の人物だ。彼の本を読んだり彼と話しているとき、私はニックが強弁していると感じたり、読者をたぶらかしていると感じたりしたことは一度もない。誰かの仕事を引用している場合にはどの文献を引用しているのか明快だし、何を根拠に彼が自身のアイデアを立ち上げているかも明快だ。自分のアイデアのいくつかが間違っている可能性があれば、彼は他人に指摘されるより先に自分で指摘してしまうだろう。

日本語版

生命、エネルギー、進化

生命、エネルギー、進化

Pod Save the World

オバマホワイトハウスのアルムナイたちがホストする Keepin' it 1600Pod save America も最初から全部聞いていたのだけど、この Tommy Vietor のホストする Pod save the world が一番素晴らしい。

~America のほうではその週の政治ニュースについてな話をするのに対して、~World では元NSCスポークスマンだった Vietor が過去の同僚などを呼んでアメリカのナショナルセキュリティについてやその界隈で働くことなどについてをインタビューしている。憂鬱になるニュースばかりが紙面を賑わせるような時代けれども、世界にはこんなに頑張ってる優秀な人がいるのかと思うと大変元気が出てくる。そのほとんどが30-40代くらいなのもとてもいい。

Pod save America、今週のゲスト共和党の人だった。わたしは Favreau + Dan Pfeiffer の回のほうが好きかもしれない。昔は Jon Lovett がでてくる回はとても面白く聞いていた、youtube に転がっていたコメンスメントアドレスはとても素晴らしく彼が no BS なキャラであることはよくわかる。時々キワドイ発言や内容が整理されてなくて迷子になる発言も多いけど彼のチャームでうまいこと中和されている。そして彼の未熟さと vulnerability は彼自身自ら自覚しつつ 周りの二人からも突っ込まれたりスルーされたりという感じで話が進んでいくのは面白いんだけど、なんか最近はこのテンションに疲れてきた笑 ので Pfeiffer のほうが落ち着いて聞ける、のだけどこっちはいかにも Pundit 的な会話でもある。

細菌遺伝子マーカー

  • 随時更新

カウンターセレクションマーカー

pyrF (真核はURA3)+ 5-FOA

  • orotidine-5′-monophosphate [OMP] decarboxylase
  • OMP を UMP に変える(key de novo pyrimidine biosynthesis)
  • 5-fluoroorotic acid (5-FOA, an analog of pyrimidine) があるとPyrEとPyrFによって 5-FOA → 5-F-OMP → 5-F-UMP になり毒性でしぬ
  • genome にある場合は KO する必要あり
  • 参考

rpsL + streptomycin

  • S12 protein of the small ribosomal subunit
  • rpsL に変異をいれるとストレプトマイシン感受性をもつ
  • genome rpsL に変異をいれておく必要あり。rpsL WT を別途発現させることで耐性

galK + DOG

  • ガラクトース
  • galK が DOG を毒性ある分子に変える
  • 糖を食わない菌ならば genome KO することなく使えたりする
  • もともと galK をもっていたら KO する必要はあるが、その場合ポジティブセレクターとしても使える

sacB + surcose

  • メカニズムは実はよくわかってないらしい
  • sacB を発現していると sucrose に弱くなる。sucrose 濃度は菌によって違うのでスクリーニングする必要あり
  • とはいっても sacB を発現してなくても生育は弱ったりするので、 sucrose plate でコロニーが見え始めたら新しいプレートに restreak するといい
  • つまり遅い菌にはあまり向かない

TK + dP

  • genome から tk を ko したほうが良い
  • dPがリン酸化されることでゲノムにとりこまれてしぬ
  • 5fdUでde novo dT 合成を抑えればポジティブセレクターとしても使える(+ dT)

tetA + fusaric acid

  • あとはテトラサイクリン耐性

ccdB

  • DNA gyrase 阻害タンパク質。
  • CcdA/CcdB Type II Toxin-antitoxin system - Wikipedia
  • leaky expression でも lethal になるので注意。という意味では上記のような他の化合物とセットでリーサルになるシステムのほうが使いやすい。

デュアルセレクションマーカー

TetA

  • テトラサイクリン体制
  • Fusaric acid

ThyA

TK

  • dT + 5fdU for positive selection in Δtdk strain
    • 5fdUは de novo pathway を阻害
  • dP for counter selection

GalK

  • ガラクトース (in minimal media) positive selection
  • DOG counter selection

オキソトロフマーカー

アミノ酸系

ヌクレオチド

シュガー

  • lacZ: lactose
  • galK: galactose
  • araE: arabinose

その他必須化合物

  • thiE: Thiamin
  • dapA: DAP:LBにも入ってないのでミニマムメディアを作らなくても使える

表現型が変わる系なもの

サロゲート化合物

かたち

  • mreB
  • ftsZ
  • minCD

走性

  • cheZ: 過剰発言で tumble が減る(tumbleを引き起こすcheY-P を cheZ が dephosphorilation する)
  • fliC: べん毛がなくなって swim/swarm しなくなる
  • tsr, tar などの MCP: swarm plate 上での chemotaxis が変わる

PHAを作る株

  • phaC: PHA合成酵素を潰せば Nile Red (PHAを染める色素)で簡単に識別可能

DNA ストレージ

DNA の情報ストレージ密度が上がった話。Science の pod がわかりやすかった。数年前に Church たちのグループ が本を書いてそれをストアした時はそれほどでもない情報密度だったが(むしろコンセプトベースの仕事であった)、今回違うグループから発表された方法(DNA Fountain)はDNAに保存できる理論限界に近づいたそうだ。DNA 1 g あたり 215 ペタバイト… という数字が何を意味するのかはピンとこないが、これまで人類が産み出した情報がすべてトラック数台分に詰まるらしい。

彼らの考えた方法でバイナリ情報(txtからmovからマルウェアまで)をAGTCに書き直して、それをオリゴ会社(Twist)に合成させて、MiSeq でハイスループットシーケンシングをして、すべてただしく情報が読み出せている、とのことだった。でもいまのところはオリゴ合成もシーケンシングも高いので実用向きではないと。でもたとえばamazonやfacebookのデータセンターがトラック数個分に置き換わるかもね、と。去年の秋から冬にかけてうちのラボから大量にtwistに発注して数ヶ月何も納品されないから会社を乗り換えたのだけど、もしかしてこれで忙しかったとか…

SciFri のほうではDNAは乾いた状態で保存するとか言っていたが、私的には生物に入れたほうがむしろ大量のバックアップが増えるから良い気がするのだけど。マスターは乾いた状態で持ってて、バックアップは生物に入れた状態で1つのグリストにあれば、乾いたほうが破壊されても(ブリーチとか)また増やせる?変異が入るからダメ?

Alternative Facts

去年一年間の大統領選で鍛えたおかげでニュースを聞いても憂鬱にならなくなってきた。最近きになるのは anecdotes と statistics と context がどう駆使されて alternative facts が紡ぎあげられているか:

日本のメジャー誌はコンテキストの解説が少なくて anecdotal な傾向にあるという個人的な印象がある。

雑記:難民研究者、餅つき、タバコ

難民研究者

www.acast.com

今週の nature podcast がいつもと違ってとてもジャーナリズムだった。こういうのも増やしてほしい。

うろ覚えだけど:研究者のシリア難民の話をしていた;フランスで食品科学に関するPhDとポスドクをしてシリアの大学にポジションを得たと思いきや 1年間の兵役に課せられ、ラボの学生とは電話などでやりとりをすることに。あと1ヶ月で終わると思った頃に内戦が勃発し、「あと1ヶ月延長」「2ヶ月」…と半年間延長されたところで、国から逃れることを決意。彼が言った、「私は研究者であり、教員であり、人を殺すために今までトレーニングを受けてきたわけではない」彼は我々と似たような人生を歩んできたのだ。国を出るときにもタイミングが悪かったり色々あって兄弟が捕まって殺され、残った彼ら家族はトルコ(だっけ?)に逃れ、そこで仕事を探し、何年か後についに難民研究者向けのグラント?かなんかに受かって、今はベルギー(だっけ?)の研究所で研究をしている;中東の食品素材を使ったチョコを開発してるとこのこと!でも家族の難民許可は下りず、とトルコ(だか)の国境も閉ざされていて、嫁と子供とは12月頭にskypeで話したっきりだと言っていた。幸せだけど幸せではないと。そしてシリアの大学でポジションをとって国内グラントをとって買った新品の機械(確か脂質を分析する装置)を一度も使わないままラボに置いてきたと。爆撃されて壊れたかもしれないし盗まれたかもしれない、わからない。

オリエンタルパトロール

千葉のムスリムがパトロールに参加してそのコミュニティと仲良くなろうとしている話。餅つき大会などにも参加していると。いい話だった。私は中東出身やムスリムの人たちを何人も知っててそのほとんどがことごとく平和主義で癒し系な感じで中東はわりとオリエンタルで美しくて優しいイメージを持ってるのだった。イメージって情報をどこで得るかによって全く変わってくる、たとえば日本に対してもアニメとかマリオとか任天堂とかいうイメージを持ってる人もいれば特攻で鬼畜な野蛮人だと思っている人もいる。アメリカの人種問題も根が深いし。どこにいってもいい人も悪い人もいる。

タバコスマグリング

Matt Apuzzo: How an Investigative Reporter Got His Story

Inside the Times podcast - すげー話だった。ATF という タバコ smuggling を捕まえるための組織がむしろ超組織的に タバコ smuggling で大金を着服していた…という procecution があって(それがそもそもひどい)、その情報が3月末まで非公開らしいんだが、そのチョットずつ漏れる情報をもとに NY Times の記者がいろいろ調査してスクープした話。その情報の集め方などがとても面白い。ネットにあがってる「本来は鍵つきPDFとして保存するべき情報」が「たまたま間違えてテキストファイルで保存されてた」りするのをかき集めて少しずつ情報を集め、関係者のリストを作ったりして、実際に話を聞きにいったりするなど。

すばらしい報道がたくさんある。

読書スランプと本との相性

www.asahi.com

個人的に思うのは:「読書スランプ」が起こる時点で、読みたく無い本を読んでるんじゃないかと思う(ただ彼が冒頭で引用した人たちは仕事で本を読まねばならなかったりするのでそれは別かもしれない)。

趣味で読むならば本は映画や音楽のようにすごく至福でリッチな体験であってよくて、苦しむ必要はないのだ。スマホのコンテンツをも読めないならば確かに「活字スランプ」かもしれないが、SNSやメールは読めて本が読めないのは、読んでる本と合わないだけだと思う。見たくない映画をみたり聞きたくない音楽を聴く人がいないように、読みたくない本はよまなければいい。私も「この本ダメー」と思ったらすぐ読むのをやめる、本にも相性はあるのだ。とここまで書いて、私の本の読み方は、清水幾太郎とすごく似ていたことを思い出した;彼の「本はどう読むか」に激しく同意しながら読んだ。本は魂の対話をする対象であって、盛り上がらない相手に無理やり付き合う必要はないのだ。

本はどう読むか (講談社現代新書)

本はどう読むか (講談社現代新書)

あと私は夏目漱石(とくに三四郎、それから、私の個人主義!)や丸谷才一や井上ひさしや舞城王太郎や保坂和志はとてもテンション上がりながら読み進めるのだけど、相性がとてもあわないのはたとえば山田詠美や村上龍や平野啓一郎など、全部途中で挫折した(批判するわけではない、相性が悪いだけだろう)。村上春樹は読みやすくて全部読んじゃうんだけどとくに好きでもない。英語でも素晴らしいノンフィクションライターは多く、Walter Isaacson の書く伝記はほとんど読んだし、その他素晴らしいサイエンスライターも多い。ピュリッツァー賞もらってる人であれば内容も噛み砕いているうえに文章もわかりやすいことが多い。日本にもこういうノンフィクションの賞ってあるのかしら?相性があうという保証ではないが、最初に選ぶための良い指標にはなる気がする。

本との相性というのはいろいろあって、それは単に文章のリズムの好みやトーンだったりするかもしれないし、あとは内容の背景知識が足り無くて著者と同じスタートポイントを共有してないのかもしれない。たとえば最近は「Team of Rivals」 というリンカーンの伝記読んで面白かったのでじゃあ次は civil rights 読もうと「Parting the Waters」という本に手を伸ばしたら後者はさっぱり意味がわからなかった;キング牧師の生まれ育った地域にある多数のキリスト教コミュニティの話から話は始まるのだけど、私にはアメリカ人が共有するであろう協会その他の常識を持ってないせいでこの本で使われる語彙とそこに含まれる意味が理解できなかったのであった。いつかもっとキリスト教やら協会やらをわかりやすく解説してあるような本を読んだあとになって初めてこの本が楽しめるだろう。

天声人語によれば調査対象の大学生の半分が全く本を読んでないそうだが、彼らは自分と相性のあう良い本を見つけたことがないだけじゃないかとも思う。本屋では内容の薄い新書や実用書が平積みになっていて、本当に内容がリッチな本が届きにくくなっている気もする

雑記:とぶ恐竜、移民

羽をもつ恐竜、カニバリズム - Science Podcast

恐竜がどうやって鳥へと進化してきたかの話。中国からたくさん羽根つき恐竜がみつかっているらしい。彼らは「いつか空飛べるようになりたいなー」と思いながらインテリジェントデザイン的に羽を少しずつ準備していたわけではもちろん無くて、むしろ体を温めるとか、他の目的で羽をつくっていた…ということがわかる化石が徐々にみつかっているらしい。あとは羽ではなくモモンガ?とかバット?みたいに皮膚を伸ばして羽にしてるっぽい恐竜?もいるらしい。あとは羽つき化石をみつけても彼らが飛んでいたのかいなかはわからない;だからその恐竜のコンピュータモデルをつくって流体力学的に空を飛べたのかどうかを調べているらしい…これはとてもクール

そしてこの本がとても気になる:Natural History といいつつ 2/3 くらいがヒトのカニバリズムの話らしい。ハンニバルレクターファンとしては読まねば。

Cannibalism: A Perfectly Natural History (English Edition)

Cannibalism: A Perfectly Natural History (English Edition)

The Daily (Feb 27, 2017) - NY Times Podcast

移民問題に関するとても面白い回だった。

イリノイのカルロスさんのお話。彼は20年前にアメリカに来て(家族の病気?)この約8000人だかの街で知らない人がいないほどの「いい奴」として知られていた。誰でもカルロスを知っている;その辺のカフェやパブであって自分のことを家族のように聞いてくれるカルロス。火事が起こったら現場近くにテントを張って食料を持ってきて消防隊員たちにくばるカルロス。離婚したときにも相談にのってくれるカルロス。市民の、いや人間の鑑のような男カルロス!と思いきやこの前のトランプの大統領令でいきなり逮捕され detain されてしまった。その街は経済も下向きでオバマケアがうまく回らず(保険料が2倍にもなってむしろ保険から抜けた人もいる)圧倒的トランプ支持の街だったのだが、カルロスが良い奴すぎたので皆に衝撃が走っている。カルロスがお荷物なんかじゃない、むしろ彼がいなくなることはその街の大損失であると。インタビューされていたカルロスの親友だという人は、まだ経済政策的にはトランプに期待をしてるし支持もしているが、移民政策に関しては反対になったと言っている。この問題に関しては彼だけでなく多くの人たちが、市長までもが出てきて、意見書を書いているとのこと。

ただ、そのような「何も悪くない undocumented immigrants」の話ばかりが取りだ足されるが、そのキレイな話の裏にはもちろん犯罪を犯している無許可移民だってたくさんいる。undocumented たちを探して見つけて逮捕する職員はいままでオバマ政権のときにはむしろ悪者であるかのように描かれていたのだけど、いまのトランプ政権によって「やっと自分たちが正義だと認識された」と思っていると。(でもオバマ政権のときもいままでになく大量に undocumented たちを重い犯罪をしたひとたちから deport はしていたのであり?)